虽说BIM设计不同于传统设计，但在流程上BIM设计依然要经历方案设计、初步设计及施工图设计三个阶段。与传统设计不同的是，BIM设计专业内部及专业间的协同更加频繁，贯穿于整个设计过程，并且不同于以往专业间提资采用的二维图纸形式，BIM设计应以提供阶段性模型为主，二维图像（或图纸）为辅。

在方案设计阶段，建筑专业根据设计依据建立方案设计模型，并通过方案阶段性能化分析，完善模型并经过专业评审之后提交给结构专业。结构专业基于建筑方案模型进行概念设计以完成结构方案建模。待建筑和结构专业模型校审之后通过专业间的协同和方案设计成本估算控制得到方案阶段设计模型，该模型可作为方案阶段进一步数据分析以及报建、审批的依据，也可作为下一阶段扩初或施工图的设计依据。

初步设计阶段，各专业汇总方案阶段消防、规划以及甲方等各方意见对方案阶段的设计思路进行修正，并指导各专业下一步的设计工作。首先是建筑结构在方案模型的基础上进行调整、修改，再将修改好的模型提交给机电专业，机电专业进行相关设计。在设计完善的过程中，各专业同步协同，根据协同设计过程中出现的问题并结合现阶段成本估算和能耗分析，综合优化后得到各专业的初步设计模型。

施工图设计阶段，各专业在方案设计模型或初步设计模型的基础上，综合协调专业、节能、成本等因素继续优化和完善该阶段模型（如果是直接由方案到施工图，实际是将扩初阶段的内容工作内容压缩至了施工图阶段），根据和甲方签订的合同要求，形成模型文档或模型文档兼图纸文档。